Centrum pro otázky životního prostředí vytvořilo řadu metodik, které byly certifikovány státní správou.
Indikátory materiálových toků pro ekonomické sektory - odd. env. indikátorů - certifikováno MŽP v roce 2010
Činčera, J: Metodika evaluace programů environmentální výchovy - odd. env. vzdělávání - certifikováno MŽP v roce 2010
Braniš, M., Dlouhý, J., Jančaříková, K., Jančařík, A., Šauer, P.: Metodika tvorby textů v otevřeném internetovém prostoru pro vysokoškolské vzdělávání formou e-learningu - odd. env. vzdělávání - certifikováno v roce 2010
Dlouhá, J., Činčera, J., Jančaříková, K., Dlouhý, J., Scholleová, H: Metodika týmové spolupráce a tvorby týmů pro vysokoškolské vzdělávání - odd. env. vzdělávání - certifikováno v roce 2010
Dlouhý, J., Dlouhá, J.: Metodika využití Wiki software ve výuce - odd. env. vzdělávání - certifikováno v roce 2010
Strukturální dekompoziční analýza indikátorů materiálových toků - odd. env. indikátorů - certifikováno MŽP v roce 2013
Metodika monitoringu návštěvnosti v přírodních oblastech - odd. env. ekonomie a sociologie - ve schvalovacím procesu